Сералът започва там, където свършва филмът. Непокорната двойка от човек и извънземен преследват експерименталните същества на д-р Джамба Джукиба, които са 625 на брой и опустошават Хаваите... Лило и Стич имат за задача да променят съществата от лоши в добри и да намерят единственото място, което наистина им принадлежи. Междувременно, бившият капитан Ганту и несговорчивият му партньор Експеримент 625 също се опитват да хванат експериментите, но в полза на затворника д-р Хернстервил.
