A Twilight, Rarity, Rainbow Dash, Fluttershy, Pinkie Pie ed Applejack viene affidato l'incarico di governare Equestria dopo aver ricevuto la notizia che le principesse Celestia e Luna si ritirano. Di conseguenza, Twilight è subito colta dall'ansia e dalla preoccupazione a causa di questo nuovo compito. Nel frattempo, un antico malvagio chiamato Grogar riunisce Queen Chrysalis, Tirek, Cozy Glow e Re Sombra, proponendo di lavorare insieme per sconfiggere Twilight e le altre. Re Sombra, tuttavia, non accetta ciò, quindi si avventura da solo nell'Impero di Cristallo per riconquistarlo. Sebbene riesca in questo schiavizzando tutti i pony, tra cui Princess Cadence, Shining Armor e la piccola Flurry Heart, arrivano Twilight e le sue amiche e lo sconfiggono facilmente con i loro Elementi. Ripristinata la pace, le Mane 6 ritornano all'Albero dell'Armonia per restituire gli Elementi, il quale viene immediatamente distrutto da Sombra.
