Grazie al codice di cifratura ottenuto nell'episodio precedente, Jeremy riesce a trovare il modo di decrittare il diario di Franz Hopper, cosa che dovrebbe permettergli di programmare un antivirus per Aelita. La missione per reperire il materiale necessario alla decrittazione è complicata da uno spettro polimorfo che XANA invia direttamente su Lyoko e che assume le sembianze prima dell'avatar di Odd e poi di quello di Ulrich. Alla fine, tutto si risolve per il meglio e, analizzando il diario, viene fatta una scoperta sconvolgente: Hopper, anni addietro, si era virtualizzato su Lyoko assieme alla figlia, che non è altri che Aelita.
