遭遇绑架案的柯南，与人质少年三村和雄交换衣服调换了。与绑架犯若井隼人、千秋夫妇一起行动的时候，柯南注意到两人不是主动犯罪，而是被某人指示的。由于在移动中的车中发现了写有名字的模型车，柯南询问对方“是不是孩子被抓住成为人质继而被威胁了？” 若井夫妇，昨天傍晚接到了“如果不想儿子若井哲也丢掉性命，就遵从指示”的电话。在外面到处寻找哲也，晚上回家的时候，门口放着一个装有指示书和所需物品的公文包。柯南决定协助若井夫妇，一边假装听从指示，一边为了找到哲也而出谋划策。通过真凶发来的哲也的照片和电话中听到的声音观察，柯南缩小了监禁场所的候选范围…… 另一边，在三村家继续侦查的目暮警部等人，了解到若井夫妇是绑架犯。另外，由于柯南开始打电话，指示的方法等发生了变化，目暮警部对此感到诡异。真凶的目的，究竟是什么？以及，哲也的位置在哪里？目暮警部得出的答案是……
